Jakob Kruijt groeide op in een Zaans arbeidersgezin dat met de doopsgezinde kerk had gebroken en een syndicalistisch-anarchistische levensovertuiging was toegedaan. Kruijt doorliep de ulo en vervolgens de kweekschool. Hij begon als onderwijzer in Hoofddorp. Een artikel in het lokale socialistische krantje de Rode Meerbode kwam hem op een veroordeling en geldboete te staan.
Hij verhuisde naar Amsterdam. Tot 1931 zou hij hier lesgeven aan een ulo, daarnaast doorstuderend (MO aardrijkskunde, hbs-b en sociale geografie bij S.R. Steinmetz, de grondlegger van de sociografie). In 1931 werd Kruijt leraar aardrijkskunde in Arnhem. In zijn vrije uren werkte hij aan een dissertatie, De onkerkelikheid in Nederland. Haar verbreiding en oorzaken. Proeve ener sociografiese verklaring – Kruijt hanteerde de vooruitstrevende spellingsregels van R.A. Kollewijn – waarop hij in 1933 cum laude bij Steinmetz promoveerde. In zijn proefschrift combineerde hij de sociologische invalshoek van W.A. Bonger met de vergelijkende geografie van Steinmetz tot een ‘reliografies’ overzicht van de onkerkelijkheid in Nederland. Hij vatte het proces van ontkerkelijking op als een ‘zuiveringsproces’. Het vrijzinnig protestantisme was volgens hem op deze weg al ver gevorderd en in een dergelijk milieu konden geloof en links maatschappelijk engagement samengaan. Kruijt had contact met de religieus socialist en Woodbroker W.A. Banning. Tijdens de oorlog werden Kruijt en zijn vrouw door Banning gedoopt en bevestigd als lid van de Nederlandse Hervormde Kerk. In 1945 werd Kruijt benoemd tot directeur van het Sociologisch Instituut van de Nederlandse hervormde kerk (SINHK). Hij trad tevens op als docent op het Nederlands-hervormde opleidingsinstituut ‘Kerk en Wereld’ te Driebergen en schreef in tijdschriften als Wending, Theologie en Practijk , de Socialistische Gids en Socialisme en Democratie. Daarnaast bleef hij wetenschappelijk zeer actief.
Kern van Kruijts publicaties was zijn bezorgdheid over het gebrek aan sociale cohesie in de moderne, geïndustrialiseerde samenleving. Dit klassiek-sociologische probleem diende zijns inziens te worden opgelost door wetenschappelijke analyse, godsdienstige bezinning en politiek handelen. De combinatie viel Kruijt niet altijd gemakkelijk. In zijn geschriften was hij nuchterder en zakelijker dan iemand als Banning. Vandaar wellicht zijn overstap in 1947 naar het hoogleraarschap in de sociologie aan de Rijksuniversiteit te Utrecht. Zijn oratie had als titel: Arbeiders en de nieuwe middenstand. Ook als hoogleraar worstelde hij met de combinatie van wetenschap, levensbeschouwing en maatschappelijk engagement. Kruijt betoogde, in navolging van Max Weber, dat weliswaar elke sociologische analyse een waardebetrokken uitgangspunt kende, maar dat het empirische onderzoek op wetenschappelijke wijze, zonder waardeoordelen, kon worden uitgevoerd. Anderzijds bleef hij van mening dat de wetenschap een beperkte rol in het menselijk leven vervulde. Men moest de wetenschap niet almachtig maken en erkennen ‘dat zij grenzen heeft, dat zij […]de gelding van de laatste waarden, of de waarheden van het geloof, of de diepste beslissingen voor het handelen waarvoor wij geplaatst zijn, niet kan geven’. Ten tijde van de opkomst van de jonge en ambitieuze ‘moderne sociologie’ werd dit hem niet steeds in dank afgenomen.
Kruijt bleef intussen ook zijn oude liefdes trouw: onderwijs en aardrijkskunde. Hij had een grote naam als auteur van schoolboeken. Ook uit zijn bemoeienis met het vooroorlogse Instituut voor Arbeidersontwikkeling en zijn activiteiten binnen de Maatschappij tot Nut van ’t Algemeen, de Volksuniversiteit en de Volkshogescholen blijkt een diepgaande betrokkenheid bij het openbaar onderwijs en bij de volksontwikkeling. Kruijt is altijd ook onderwijzer gebleven in de beste zin des woords.